بخش مرجع شامل کتاب‌هایی است که برای استفاده یا ارجاع به بخش خاصی از اطلاعات نوشته می‌شوند. به‌طور معمول این نوع کتاب‌ها به‌طور کامل خوانده نمی‌شوند و قابل امانت نیستند و برای استفاده در محل کتابخانه مرکزی مجاز می‌باشند.
انواع کتاب‌های مرجع: اطلس‌ها، واژه نامه‌ها، دایرةالمعارف‌ها، کتابشناسی‌ها، زندگی‌نامه‌ها، منابع مرجع فوری شامل سالنامه‌ها، دستنامه‌ها و منابع مرجع جغرافیایی.
بخش مرجع کتابخانه دانشکده دندانپزشکی، با هدف ارائه خدمت در راستای مرتفع نمودن نیازهای اطلاعاتی مرجع کاربران، با مجموعه‌ای متشکل از: حدود 1500 منبع مرجع عمومی و تخصصی دندانپزشکی و دارویی در خدمت کاربران می‌باشد. این بخش مطابق برنامه کاری بخش امانت، از ساعت 8 صبح لغایت 14 در روزهای شنبه تا چهارشنبه آماده ارائه خدمت به کاربران می‌باشد.
